Hellboy surgió de una bola de fuego el 23 de diciembre de 1945 en las ruinas de una antigua iglesia británica, cuándo los nazis intentaban invocar un ser que les ayudara a invertir el desenlace de la guerra mediante lo que denominaron "Proyecto Ragnarok". Alcanzaron sus objetivos en parte, puesto que el ser al que lograron traer de no se sabe que infierno, no apareció en sus dominios sino detrás de las líneas de los aliados que, sospechando las intenciones del ejercito alemán habían enviado un equipo de expertos a las inmediaciones. Así, los americanos se hicieron cargo del extraño muchacho al que llamaron Hellboy, y se crió y educó bajo la tutela del profesor Bruttenholm en una base aérea de Nuevo México. Abe Sapien es el compañero de aventuras de Hellboy. Lo único que se puede decir de su origen es que lo descubrieron unos fontaneros que, cuando trabajaban en el sótano del hospital St. Trinian en Washington D.C., derribando una puerta que daba a una cámara secreta. Allí encontraron un extraño ser con aspecto de anfibio metido en una enorme cubeta en animación suspendida. También encontraron una misteriosa nota: Icthyo Sapien 14 de Abril de 1865
Al final de los créditos sale el agente del FBI que se había quedado esperando en la sala donde matan al Nazi, diciendo "Todavía sigo esperando" y se ve una sombra que pasa rápidamente y un ruidito a bicho.
Cuando Hellboy se enfrenta a Kroenen hacia el final de la película, podemos ver como le destroza la máscara a puñetazos, pues bien en uno de los cambios de plano se ve como la máscara de Kroenen está intacta.